え？マジ？って思って調べてみますた。 これだな。

次のような場合は、自動的にメールが削除されます。
http://help.yahoo.co.jp/help/jp/mail/management/management-07.html

Yahoo!メールに過去4か月間ログインしていない、または、メールソフトで過去4か月間送受信していない場合、不要なメールボックスと判断され、 Yahoo!メールアドレスおよびメールボックスは利用停止されます。利用停止されると、メールボックス内のメール、フォルダ、添付ファイル、詳細設定がすべて消去されます。

私はほとんど利用していないけれど、メーラーでPOPアクセス送受信する時に自動でアクセスするから、それでログインしたってことになっているんだろうなあ。
あー、MLで使うから何だかんだで利用したことになってんのかなー。